Add information about geotop stratigraphic units

nlmod/data/geotop/REF_GTP_LITHO_CLASS.csv

@@ -0,0 +1,12 @@
+LITHO_CLASS_CD,DESCRIPTION,VOXEL_NR,SEQ_NR,RED_DEC,GREEN_DEC,BLUE_DEC
+a,antropogeen,0,0,200,200,200
+v,organisch materiaal (veen),1,1,157,78,64
+k,klei,2,2,0,146,0
+kz,"kleiig zand, zandige klei en leem",3,3,194,207,92
+zf,zand fijn,5,5,255,255,0
+zm,zand midden,6,6,243,225,6
+zg,zand grof,7,7,231,195,22
+g,grind,8,8,216,163,32
+she,schelpen,9,9,95,95,255
+z,zand niet gedifferentieerd,Null,Null,243,225,6
+o,overig,Null,Null,144,144,144

nlmod/data/geotop/REF_GTP_STR_UNIT.csv

@@ -0,0 +1,107 @@
+STR_UNIT_CD,DESCRIPTION,VOXEL_NR,SEQ_NR,RED_DEC,GREEN_DEC,BLUE_DEC
+AAOP,"Antropogene afzettingen, opgebrachte grond",1000,1,200,200,200
+AAES,"Antropogene afzettingen, esdekken",1005,2,110,110,110
+NIGR,"Formatie van Nieuwkoop, Laagpakket van Griendtsveen",1010,3,132,88,44
+NINB,"Formatie van Nieuwkoop, Laag van Nij Beets",1045,4,180,90,20
+NASC,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Schoorl",1020,5,255,255,160
+ONAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren (gedeelte boven NAZA)",1030,6,152,220,117
+NAZA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort",1040,7,254,183,56
+NAWAZU,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren, Zuiderzee Laag",1048,14,177,160,199
+NAWAAL,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren, Almere Laag",1049,15,96,73,122
+NAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren, gelegen onder Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort",1050,16,152,220,117
+BHEC,Formatie van Echteld (gedeelte buiten NIHO),1060,,170,255,245
+OEC,Formatie van Echteld (gedeelte boven NIHO),1070,13,170,255,245
+NAWOBE,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer, Laag van Bergen",1080,18,0,157,155
+KK1,Kreekrak Formatie (gedeelte boven NIHO),1085,17,68,138,112
+NIFL,"Formatie van Nieuwkoop, Flevomeer Laag",1089,19,252,213,180
+NIHO,"Formatie van Nieuwkoop, Hollandveen Laagpakket",1090,20,208,130,40
+NAZA2,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort (gedeelte onder NIHO)",1095,21,254,183,56
+NAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer",1100,27,63,165,76
+NWNZ,"Formatie van Naaldwijk, laagpakketten van Wormer en Zandvoort",1110,,63,165,76
+NAWOVE,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer, Laag van Velsen",1120,29,189,183,107
+KK2,Kreekrak Formatie (gedeelte onder NIHO),1125,30,68,138,112
+NIBA,"Formatie van Nieuwkoop, Basisveen Laag",1130,31,152,47,10
+NA,Formatie van Naaldwijk,2000,12,105,200,100
+EC,Formatie van Echteld,2010,28,170,255,245
+NI,Formatie van Nieuwkoop,2020,,208,130,40
+KK,Kreekrak Formatie,2030,,68,138,112
+BXKO,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Kootwijk",3000,34,255,255,190
+BXSI,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Singraven",3010,,190,190,0
+BXSI1,Formatie van Boxtel Laagpakket van Singraven (bovenste deel),3011,35,190,190,0
+BXWI,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Wierden",3020,36,255,255,80
+BXSI2,Formatie van Boxtel Laagpakket van Singraven (onderste deel),3012,37,255,255,130
+BXWIKO,"Formatie van Boxtel, laagpakketten van Wierden en Kootwijk",3025,38,255,255,80
+BXWISIKO,"Formatie van Boxtel, laagpakketten van Wierden, Singraven en Kootwijk",3030,39,255,255,80
+BXDE,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Delwijnen",3040,40,225,225,130
+BXDEKO,"Formatie van Boxtel, laagpakketten van Delwijnen en Kootwijk",3045,41,225,225,130
+BXSC,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Schimmert",3050,42,255,205,0
+BXLM,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Liempde",3060,43,225,190,0
+BXBS,"Formatie van Boxtel, Laagpakket van Best",3090,46,235,205,0
+BX,Formatie van Boxtel,3100,47,255,235,0
+KRWY,"Formatie van Kreftenheye, Laag van Wijchen",4000,48,86,0,0
+KRBXDE,"Formatie van Kreftenheye en Formatie van Boxtel, Laagpakket van Delwijnen",4010,49,176,48,96
+KRZU,"Formatie van Kreftenheye, Laagpakket van Zutphen",4020,50,136,0,0
+KROE,"Formatie van Kreftenheye, gelegen onder de Eem Formatie",4030,61,176,48,96
+KRTW,"Formatie van Kreftenheye, Laagpakket van Twello",4040,51,156,18,46
+KR,Formatie van Kreftenheye,4050,52,176,48,96
+BEOM,"Formatie van Beegden, Laagpakket van Oost-Maarland",4055,32,129,105,123
+BEWY,"Formatie van Beegden, Laag van Wijchen",4060,53,170,155,180
+BERO,"Formatie van Beegden, Laag van Rosmalen",4070,54,160,140,155
+BE,Formatie van Beegden,4080,55,200,200,255
+KW1,Formatie van Koewacht (kleiige top),4085,56,152,139,0
+KW,Formatie van Koewacht,4090,57,172,169,43
+WB,Formatie van Woudenberg,4100,58,137,67,30
+EE,Eem Formatie,4110,59,210,255,115
+EEWB,Formatie van Woudenberg en Eem Formatie,4120,60,210,255,115
+DR,Formatie van Drente,5000,62,255,127,80
+DRGI,"Formatie van Drente, Laagpakket van Gieten",5010,63,235,97,30
+GE,Door landijs gestuwde afzettingen,5020,64,156,156,156
+DN,Formatie van Drachten,5030,65,250,250,210
+URTY,"Formatie van Urk, Laagpakket van Tynje",5040,66,169,163,87
+PE,Formatie van Peelo,5050,67,238,130,238
+UR,Formatie van Urk,5060,68,189,183,107
+ST,Formatie van Sterksel,5070,69,205,92,92
+AP,Formatie van Appelscha,5080,70,218,165,32
+SY,Formatie van Stramproy,5090,71,255,228,181
+PZ,Formatie van Peize,5100,72,255,255,0
+WA,Formatie van Waalre,5110,73,255,165,0
+PZWA,Formatie van Peize en Formatie van Waalre,5120,74,255,204,0
+MS,Formatie van Maassluis,5130,75,135,206,235
+KI,Kiezeloöliet Formatie,5140,76,188,143,143
+OO,Formatie van Oosterhout,5150,77,118,157,39
+IE,Formatie van Inden,5160,78,236,121,193
+VI,Formatie van Ville,5170,79,153,102,0
+BR,Formatie van Breda,5180,80,108,188,150
+VE,Formatie van Veldhoven,5185,,102,100,16
+RUBO,"Rupel Formatie, Laagpakket van Boom",5190,81,154,78,163
+RU,Rupel Formatie,5200,82,184,123,238
+TOZEWA,"Formatie van Tongeren, Laagpakket van Zelzate, Laag van Watervliet",5210,83,80,144,194
+TOGO,"Formatie van Tongeren, Laagpakket van Goudsberg",5220,84,70,129,169
+TO,Formatie van Tongeren,5230,85,90,159,219
+DOAS,"Formatie van Dongen, Laagpakket van Asse",5240,86,186,146,141
+DOIE,"Formatie van Dongen, Laagpakket van Ieper",5250,87,206,176,191
+DO,Formatie van Dongen,5260,88,216,191,216
+LA,Formatie van Landen,5270,89,208,32,144
+HT,Formatie van Heijenrath,5280,90,178,34,34
+HO,Formatie van Houthem,5290,91,210,105,30
+MT,Formatie van Maastricht,5300,92,255,160,102
+GU,Formatie van Gulpen,5310,93,245,222,179
+VA,Formatie van Vaals,5320,94,21,153,79
+AK,Formatie van Aken,5330,95,152,231,205
+AEC,Formatie van Echteld (geulafzettingen generatie A),6000,9,118,147,60
+ABEOM,"Formatie van Beegden, Laagpakket van Oost-Maarland (geulafzettingen generatie A)",6005,33,118,147,60
+ANAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren (geulafzettingen generatie A)",6010,8,118,147,60
+ANAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer (geulafzettingen generatie A)",6020,,118,147,60
+BEC,Formatie van Echteld (geulafzettingen generatie B),6100,11,102,205,171
+BNAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren (geulafzettingen generatie B)",6110,10,102,205,171
+BNAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer (geulafzettingen generatie B)",6120,,102,205,171
+CEC,Formatie van Echteld (geulafzettingen generatie C),6200,22,170,196,255
+CNAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren (geulafzettingen generatie C)",6210,,170,196,255
+CNAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer (geulafzettingen generatie C)",6220,,170,196,255
+DEC,Formatie van Echteld (geulafzettingen generatie D),6300,24,102,153,205
+DNAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren (geulafzettingen generatie D)",6310,,102,153,205
+DNAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer (geulafzettingen generatie D)",6320,23,102,153,205
+EEC,Formatie van Echteld (geulafzettingen generatie E),6400,26,27,101,175
+ENAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren (geulafzettingen generatie E)",6410,,27,101,175
+ENAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer (geulafzettingen generatie E)",6420,25,27,101,175
+NN,Niet formeel ingedeelde afzettingen of onbekend,0,,85,85,85

nlmod/data/geotop/geo_eenheden.csv

@@ -6,13 +6,14 @@ strat,code,name
 1030,ONAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van
 Walcheren, gelegen boven Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort"
 1040,NAZA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort"
+1045,NINB,"Formatie van Nieuwkoop, Laag van Nij Beets"
 1050,NAWA,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Walcheren, gelegen onder Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort"
 1060,BHEC,"Formatie van Echteld, gelegen buiten de
 verbreiding van de Formatie van Nieuwkoop, Hollandveen Laagpakket"
 1070,OEC,"Formatie van Echteld, gelegen boven de Formatie van Nieuwkoop, Hollandveen Laagpakket"
 1080,NAWOBE,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer, Laag van Bergen"
 1090,NIHO,"Formatie van Nieuwkoop, Hollandveen Laagpakket"
-1095,NINB,"Formatie van Nieuwkoop, Laagpakket van Nij Beets"
+1095,NAZA2,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Zandvoort (gedeelte onder NIHO)"
 1100,NAWO,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakket van Wormer"
 1110,NWNZ,"Formatie van Naaldwijk, Laagpakketten van
 Wormer en Zandvoort (gecombineerde eenheid in modelgebied Zeeland)"

nlmod/read/geotop.py

@@ -41,8 +41,24 @@ def get_lithok_colors():
 
 
 def get_strat_props():
-    fname = os.path.join(NLMOD_DATADIR, "geotop", "geo_eenheden.csv")
-    df = pd.read_csv(fname, index_col=0, keep_default_na=False)
+    fname = os.path.join(NLMOD_DATADIR, "geotop", "REF_GTP_STR_UNIT.csv")
+    df = pd.read_csv(fname)
+    # rename the columns to previously used values
+    # so existing nlmod-code will keep working
+    df = df.rename(
+        columns={"STR_UNIT_CD": "code", "VOXEL_NR": "strat", "DESCRIPTION": "name"}
+    )
+    # calculate color from red, green and blue columns
+    color = {}
+    for index in df.index:
+        color[index] = (
+            df.at[index, "RED_DEC"] / 255,
+            df.at[index, "GREEN_DEC"] / 255,
+            df.at[index, "BLUE_DEC"] / 255,
+        )
+    df["color"] = color
+    df = df.drop(columns=["RED_DEC", "GREEN_DEC", "BLUE_DEC"]).set_index("strat")
+
     return df
 
 
@@ -116,9 +132,13 @@ def to_model_layers(
     units = units[~np.isnan(units)].astype(int)
     shape = (len(units), len(geotop_ds.y), len(geotop_ds.x))
 
-    # stratigraphy unit (geo eenheid) 2000 is above 1130
-    if (2000 in units) and (1130 in units):
-        units[(units == 2000) + (units == 1130)] = [2000, 1130]
+    if "SEQ_NR" in strat_props.columns:
+        # sort units based on SEQ_NR in strat_props
+        units = strat_props.loc[units, "SEQ_NR"].sort_values().index.values
+    else:
+        # stratigraphy unit (geo eenheid) 2000 is above 1130
+        if (2000 in units) and (1130 in units):
+            units[(units == 2000) + (units == 1130)] = [2000, 1130]
 
     # fill top and bot
     top = np.full(shape, np.nan)
@@ -620,3 +640,21 @@ def aggregate_to_ds(
     ds[kh] = xr.concat(kh_ar, ds.layer)
     ds[kv] = xr.concat(kv_ar, ds.layer)
     return ds
+
+
+def _save_excel_files_as_csv():
+    """
+    This method takes the files REF_GTP_STR_UNIT.xlsx and REF_GTP_LITHO_CLASS.xlsx that
+    are taken from the GeoTOP 1.6 zipfile downloaded from DINOloket, and saves them as
+    csv-files. In this way version-control can better process the changes in future
+    versions of GeoTOP.
+
+    Returns
+    -------
+    None.
+
+    """
+    for name in ["REF_GTP_STR_UNIT.xlsx", "REF_GTP_LITHO_CLASS.xlsx"]:
+        fname = os.path.join(NLMOD_DATADIR, "geotop", name)
+        df = pd.read_excel(fname, keep_default_na=False)
+        df.to_csv(fname.replace(".xlsx", ".csv"), index=False)