【Paddle Toolkit Development Competition No.6】Paddle 适配 deepali

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Paddle 适配 deepali
RFC PaddlePaddle/community#978

torch中单测为89个，修改后paddle单测数量85个，3个单测使用torch_function paddle没有对应实现, 1个单测使用 torchinfo取消测试
torch单测运行

paddle单测运行

docs目录没有修改，examples中示例没有说明中数据集没有测试

安装

# paddlepaddle develop
python -m pip install --pre paddlepaddle-gpu -i https://www.paddlepaddle.org.cn/packages/nightly/cu118/

# setup config file is pyproject.toml
pip install .

# test
pytest tests/

[paddle-bot]

Thanks for your contribution!

[HydrogenSulfate]

感谢提交PR，代码和docstring中有少量pytorch的部分，还请更改成paddle，有不支持的实现可以raise NotImplementedError即可

[co63oc]

感谢提交PR，代码和docstring中有少量pytorch的部分，还请更改成paddle，有不支持的实现可以raise NotImplementedError即可
已修改

[HydrogenSulfate]

感谢提交PR，代码和docstring中有少量pytorch的部分，还请更改成paddle，有不支持的实现可以raise NotImplementedError即可
已修改

好的辛苦，我们内部先测试一下

[HydrogenSulfate]

paddle目前的规则是不会在整型和浮点数之间做类型提升，所以还麻烦在所有相关的代码中，把所有可能是int64类型的Tensor手动astype到另一个对象的dtype上

https://www.paddlepaddle.org.cn/documentation/docs/zh/develop/guides/advanced/auto_type_promotion_cn.html#sifeijiangyinshileixingtishengdeshiyongfanwei

[co63oc]

paddle目前的规则是不会在整型和浮点数之间做类型提升，所以还麻烦在所有相关的代码中，把所有可能是int64类型的Tensor手动astype到另一个对象的dtype上

测试develop版本可以，只是提示信息

import paddle
spacing=paddle.ones([1,2]).astype(paddle.float32)
ret = spacing.less_equal(y=paddle.to_tensor(0)).astype("bool").any()
print(ret)

文档说明是到2.6版本

develop版本安装是用的命令

python -m pip install --pre paddlepaddle-gpu -i https://www.paddlepaddle.org.cn/packages/nightly/cu118/

其他地方有碰到类似问题，可能文档没有更新，测试有部分支持，也有部分不支持，但是不确定是哪部分不支持，需要按测试结果修改

[HydrogenSulfate]

paddle目前的规则是不会在整型和浮点数之间做类型提升，所以还麻烦在所有相关的代码中，把所有可能是int64类型的Tensor手动astype到另一个对象的dtype上

测试develop版本可以，只是提示信息

import paddle
spacing=paddle.ones([1,2]).astype(paddle.float32)
ret = spacing.less_equal(y=paddle.to_tensor(0)).astype("bool").any()
print(ret)

文档说明是到2.6版本

develop版本安装是用的命令

python -m pip install --pre paddlepaddle-gpu -i https://www.paddlepaddle.org.cn/packages/nightly/cu118/

其他地方有碰到类似问题，可能文档没有更新，测试有部分支持，也有部分不支持，但是不确定是哪部分不支持，需要按测试结果修改

好的，在develop上测试确实已经没有类型的问题，但是还有两个data_ptr的问题可以看一下：

[lijialin03]

辛苦提交代码，我们在运行单测的时候遇到一点奇怪的报错，麻烦可以提供一下单测运行时的软件包版本吗，pip list之类的，谢谢

[co63oc]

辛苦提交代码，我们在运行单测的时候遇到一点奇怪的报错，麻烦可以提供一下单测运行时的软件包版本吗，pip list之类的，谢谢
pip list
pip.txt

[co63oc]

好的，在develop上测试确实已经没有类型的问题，但是还有两个data_ptr的问题可以看一下

本地测试没有错误，这里的逻辑是用cpu分配tensor，然后使用不同的cuda设备，验证是否新建数据，
已修改增加tensor.clone()创建不同tensor

[lijialin03]

又看了一下发现代码中没有删除之前使用simpleitk来write的代码，因此稍作修改（下面以***** 开头的3个comment，提交代码时麻烦将老版的write和import部分代码保留但注释掉）后可以继续运行测试代码，发现还有一些问题，辛苦再修改一下～
在将问题全部修改后，简单看了一下在测试代码上运行的结果与测试代码本身的结果的均值和方法对比如下图，可以认为修改后的代码运行无误

[lijialin03]

***** import处添加(需要安装SimpleITK包)：

try:
    import SimpleITK as sitk
    from ..utils.simpleitk.imageio import read_image
    from ..utils.simpleitk.paddle import image_from_tensor
    from ..utils.simpleitk.paddle import tensor_from_image
except ImportError:
    sitk = None
from deepali.core.pathlib import unlink_or_mkdir

[co63oc]

测试read_image导入是
from deepali.utils.imageio import read_image

[lijialin03]

好的，打log看这两个API在测试这个案例上好像结果没区别，不过deepali.utils.imageio里这个确实全很多，就这个吧，谢谢

[co63oc]

又看了一下发现代码中没有删除之前使用simpleitk来write的代码，因此稍作修改（下面以***** 开头的3个comment，提交代码时麻烦将老版的write和import部分代码保留但注释掉）后可以继续运行测试代码，发现还有一些问题，辛苦再修改一下～ 在将问题全部修改后，简单看了一下在测试代码上运行的结果与测试代码本身的结果的均值和方法对比如下图，可以认为修改后的代码运行无误

已修改，没有提示错误，但是也没有日志输出，不确定什么问题

[lijialin03]

又看了一下发现代码中没有删除之前使用simpleitk来write的代码，因此稍作修改（下面以***** 开头的3个comment，提交代码时麻烦将老版的write和import部分代码保留但注释掉）后可以继续运行测试代码，发现还有一些问题，辛苦再修改一下～ 在将问题全部修改后，简单看了一下在测试代码上运行的结果与测试代码本身的结果的均值和方法对比如下图，可以认为修改后的代码运行无误

已修改，没有提示错误，但是也没有日志输出，不确定什么问题

确实没有log，测试用的PR本身输出的是文件，log是手动添加的打印: )，测试过最新代码，结果同上面log截图

[HydrogenSulfate]

LGTM，这个仓库能暂时先放到https://atomgit.com/上吗？后续我们看下github上放到哪里比较合适

[luotao1]

这个仓库能暂时先放到https://atomgit.com/上吗

@HydrogenSulfate 没地方放的话，可以考虑先放这里：https://github.com/PfCCLab

[co63oc]

LGTM，这个仓库能暂时先放到https://atomgit.com/上吗？后续我们看下github上放到哪里比较合适

已放到atomgit
https://atomgit.com/co63oc/deepali/

[co63oc]

已放到 https://github.com/PFCCLab/deepali/ ，仓库为私有仓库，当前PR是关闭吗