miniconda.def

BootStrap: yum
OSVersion: 7
MirrorURL: http://mirror.centos.org/centos-%{OSVERSION}/%{OSVERSION}/os/$basearch/
Include: yum

# If you want the updates (available at the bootstrap date) to be installed
# inside the container during the bootstrap instead of the General Availability
# point release (7.x) then uncomment the following line
#UpdateURL: http://mirror.centos.org/centos-%{OSVERSION}/%{OSVERSION}/updates/$basearch/

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%runscript
################################################################################
/opt/conda/envs/py27/bin/python "$@"

################################################################################
%setup
################################################################################
cp $PWD/py27.yml $SINGULARITY_ROOTFS/tmp/py27.yml
ls -lh $SINGULARITY_ROOTFS/root

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%post
################################################################################
yum -y install vim-minimal wget bash tar bzip2
cd /tmp
[ -f py27.yml ] || exit 1
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh -f -b -p /opt/conda
export PATH=/opt/conda/bin:$PATH
conda env create -n py27 -f ./py27.yml

# clean up so image can be shrunk
yum clean all
conda clean --all --yes

cat <<EOF > /environment
export PATH=/opt/conda/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin
export ANACONDA_HOME=/opt/conda
EOF