Ошибки в СписокОбъектовКонфигурации.СформироватьСписокОбъектов():
Неправильно:
Если ПолноеИмя = "Конфигурация" Тогда
ДобавитьОписаниеКонфигурации(ПолноеИмя, Истина, Файл.ПолноеИмя);
Иначе
ДобавитьОбъектКонфигурации(ПолноеИмя, Истина, Файл.ПолноеИмя);
КонецЕсли;
Правильно:
Если ПолноеИмя = "Конфигурация" Тогда
ДобавитьОписаниеКонфигурации(ПолноеИмя, Ложь, Файл.ПолноеИмя);
Иначе
ДобавитьОбъектКонфигурации(ПолноеИмя, Ложь, Файл.ПолноеИмя);
КонецЕсли;
Так как файл в массиве означает, что были изменения только в этом объекте, а не в нём и всех подчиненных.